После создания на базе Сумгаитского филиала АзИнефтехим Азербайджанского индустриального института,  в 1992-ом году был открыт Отдел аспирантуры.

Отдел аспирантуры проводил подготовку специалистов по двум направлениям: технике и химическим наукам.

Подготовка магистров началась в системе образования Азербайджана в 1997 году,  а в 1998-ом - был создан  Отдел аспирантуры и магистратуры. С 2010-го года он был переименован в Отдел докторантуры и магистратуры.

Подготовка магистров в СГУ ведется на основании следующих нормативных документов: указа Кабинета Министров №15 от 13.02.97 «О магистратуре в системе многоступенчатого высшего образования»,  приказа № 235 от 22.04.1997 г. Министерства образования «Структура требований,  предъявляемых к минимуму содержания и уровня подготовки магистров»,  указа №59 от 18.06.2011 коллегии Министерства образования «О состоянии и проблемах   ступени магистратуры и путях их решения», приказа №202 от 20.04.98 Министерства образования об утверждении «Правил подготовки представления и защиты магистерских диссертаций»,  приказа № 742 от 10.11.98 г. Об уставе специализированных Ученых советов по защите магистерских диссертаций»,  решении №348 от 24 декабря 2013-го года Кабинета Министров АР  «Об утверждении кредитной  системы и организации образования на ступенях бакалавриата и магистратуры высших  учебных заведений». 

В 2000-ом году после получения вузом статуса университета,  ему было поручено проведение ежегодных республиканских научных конференций магистрантов. В 2001-ом году на I Республиканской научной конференции магистрантов по 6 секциям принимали участие 133 магистранта из 8 вузов,  а в  1917-ом году на XVII Республиканской научной конференции по 19 секциям приняли участие более 1300 магистрантов из 16 вузов.

В 2016-2017 учебный год на магистратуре обучались более 220 магистрантов по 30 специальностям и 53 специализациям. 

В докторантуре ведётся обучение по программе доктор  философии и доктор  наук. 

Обучение в докторантуре проводится по очной (в отрыве от производства) и заочной (без отрыва от производства) формах. Сумгаитский государственный университет, осуществляющий образование по докторантуре реализует подготовку научных и научно-педагогических кадров по диссертантуре. 

Обучение в докторантуре проводится на государственной и платной основе. 

По программе доктор философии обучение на очной форме составляет 3 года,  заочной -4 года,  диссертантуре -4 года.  По программе доктор наук срок обучения в докторантуре составляет на очной форме обучения 4 года,  заочной -5 лет, диссертантуре -5 лет.

 В настоящее время научно-исследовательской работой для получения ученого звания доктора философии занимаются более 50 докторантов и 40 диссертантов по 16 специальностям и 7 докторов наук по 5-ти специальностям для получения звания доктора наук. 

С 1917 года Отдел докторантуры и магистратуры возглавляет доцент Сабир Агакиши оглу Халилов. За заслуги в развитии образования в Азербайджане С.А.Халилов был удостоен звания «Заслуженный учитель» указом Президента Азербайджанской Республики от 16 ноября 2012 года. В Отделе докторантуры и магистратуры работают 2 сотрудника.

Ст.методист – Ягналиева Айбениз Ахверди гызы. Она окончила  в 1987-ом году Сумгаитский политический техникум, а в 1997-ом – БГУ. Является докторантам по специальности Дифференциальные уравнения.

Оператор – Аллахвердиева Шалала Судеф гызы

В СГУ по магистратуре и докторантуре  ведется подготовка по следующим специальностям:

Магистратура

060501 Математика

•Математический анализ

•Вычислительная математика

•Оптимизация и оптимальное управление

•Математическая физика

•Дифференциальные уравнения

060105 Учитель математики

•Методика и методология преподавания математики 

060509 Компьютерные науки

•Информатика 

060509 Физика

•Физика полупроводников

•Тепловая физика и молекулярная физика

•Полупроводниковые приборы и микроэлектроника

•Атомная и молекулярная физика

060104 Учитель физики

•Методика и методология преподавания физики

060626 Электрическая инженерия

•Автоматика и электрический привод промышленных установок и технологических комплексов.

060609 Теплоэнергетическая инженерия

•Тепловые электрические станции

060201 Филология

•Азербайджанская литература 

•Литературоведение (литература тюркских народов)

•Литературоведение (литература народов Европы)

•Языковедение (английский язык)

•Азербайджанский язык

060101 Учитель азербайджанского языка и литературы

•Методика и методология преподавания азербайджанского языка и литературы

060504 Химия

•Неорганическая химия

•Органическая химия

•Физическая химия

•Аналитическая химия

•Химия высокомолекулярных соединений

•Электрохимия

•Нефтехимия 

•Химия композиционных материалов

06011 Учитель химии

•Методика и методология преподавания химии 

060641 Химическая инженерия

•Химия  и технология основного органического синтеза

•Химическая технология полимеров

060505 Биология

•Микробиология

•Генетика

•Микология

060109 Учитель биологии

•Методика и методология преподавания биологии 

060649 Экологическая инженерия

•Охрана окружающей среды и эффективное использование природных запасов

060206 История

•История древних и средних веков Азербайджана

•Новая и новейшая история Европы и Америки 

•Новая и новейшая история Азербайджана

060111 Учитель истории

•Методика и методология преподавания истории 

060210 Социология

•Социология управления

060506 География

•Физическая география Азербайджана 

060112 Учитель географии

•Методика и методология преподавания географии

060631 Компьютерная инженерия

•Компьютерная инженерия

060632 Инженерия информационных технологий и систем

•Информационные системы в управлении 

•Информационные системы в управлении (по программе МВА)

060628 Инженерия автоматизации процессов

•Автоматизация технологических процессов и производств

060647 Инженерия метрологии,  стандартизации и сертификации

•Стандартизация и сертификация

060404 Экономика

•Экономика туризма

060407 Менеджмент

•Управление инновациями и проектами 

•Менеджмент (по отраслям)

060409 Управление бизнесом

•Организация и управление бизнесом 

•Организация и управление бизнесом (по программе МВА)

060402 Бухгалтерский учет и аудит

•Бухгалтерский учет и аудит в сфере услуг 

•Бухгалтерский учет и аудит в сфере производства 

060401 Мировая экономика

•Международные экономические отношения

•Таможенное дело