Бухгалтерия Сумгайытского государственного университета ведет работу в соответствии с нормативно-правовыми актами и Законом Азербайджанской Республики «О бухгалтерском учете организаций, учреждений и предприятий, финансируемых бюджетом».
Бухгалтерия контролирует  правильность составления смет доходов и расходов, расчет между предприятиями, хранение денежных средств и ценностей, следит за правильным  исполнением  финансовых и экономических обязанностей. Бухгалтерский учет смет доходов и расходов бюджетных и  специальных средств, смет расходов научно-исследовательских лабораторий и других внебюджетных средств ведется согласно “Инструкции по применению плана счетов бухгалтерского учета бюджетных учреждений”. 
С 2010-го года представляет отчеты  согласно  приказу №5 от 13-го января 2009-го года Министерства финансов Азербайджанской Республики «Национальные бухгалтерские учётные стандарты для бюджетных организаций». Наряду с другими учреждениями,  бухгалтерия,  как финансово-учётный отдел, вносит свой вклад в эффективное применение финансовых механизмов, связанных с развитием образования в стране, а также новых финансовых механизмов в вузах, применяемых на основании указа Президента Азербайджанской Республики от 10 февраля 2010 года, № 220. 
Все дела ведутся на 10 компьютерах, на которых установлены бухгалтерские программы. В бухгалтерии работают 9 штатных сотрудников. Разделение обязанностей между работниками отдела ведется в соответствии с функциональным признаком и объемом работы.
Главный бухгалтер - Абдуллаев Шахмар Гасан оглы. Обеспечивает организацию бухгалтерского учета и составление отчетностей,  полный учет поступающих денежных средств, товарно-материальных ценностей и основных средств, а также своевременное отражение в бухгалтерском учете операций, связанных с их движением.
Заместитель главного бухгалтера – Рзаев Раван Эльшад оглу, помогает главному бухгалтеру в ведении бухгалтерского учета и составлении отчетностей.
Ведущий бухгалтер-Ахмедов Габиль Гулу оглу, ведет финансовые и статистические отчеты.
Ведущий бухгалтер - Фараджова Лала Бахлул гызы, обеспечивает  правильность и своевременность начисления заработной платы.
Ведущий бухгалтер – Рустамов  Ровшан Джафар оглу, принимает участие в проведении инвентаризации товарно-материальных ценностей, участвует в тематических проверках обслуживаемых учреждений.
Ведущий бухгалтер - Рзалы Замина Адил гызы. Обеспечивает  правильность и своевременность начисления заработной платы.
Ведущий бухгалтер - Мамедова Эсмира Мазахир гызы, ведет документацию студентов  учащихся на платной основе. 
Бухгалтер-Бухсаева Эсмира Мирзахан гызы, работает со студенческими стипендиями, почасовой оплатой и получением пластиковых карт.

Бухгалтер Ширинли Лейла Фаиг гызы помогает вести учет студентов, обучающихся на платной основе, и делать расчет заработной платы.
Бухгалтер-Нагиева Кифаят Мустафа гызы, занимается сбором оплаты за обучение.
Выплата заработной платы работникам университета и стипендии студентам производится посредством пластиковых карт.